Aislamiento y caracterización de nuevos marcadores microsatelitales en la almeja generosa (Panopea globosa)

Autores/as

  • Celia Isabel Bisbal -Pardo
  • Miguel íngel Del Rí­o -Portilla
  • Ana Yonori Castillo -Paéz
  • Axayácatl Rocha-Olivares

DOI:

https://doi.org/10.37543/oceanides.v31i1.162

Palabras clave:

Microsatélites, Secuenciación de siguiente generación, Panopea globosa, Almeja generosa

Resumen

La almeja generosa Panopea globosa es una especie infáunica longeva y de gran tamaño que mantiene una pesquería creciente en la costa del Noroeste de México. A pesar de su demanda creciente en los mercados asiáticos, se conoce muy poco acerca de su biología. Con la finalidad de proveer nuevos marcadores genéticos para la caracterización de poblaciones silvestres, se desarrollaron nueve marcadores microsatelitales nuevos (con patrones repetidos de di-, tri-, y tetranucleotídicos) utilizando secuenciación genómica aleatoria con tecnología de secuenciación de siguiente generación (Illumina). El número de alelos por locus varió de 3 a 16 y los valores de heterocigosidad observada y esperada variaron de 0.286 a 0.650 y 0.504 a 0.906, respectivamente. Cinco microsatelites se desvían del equilibrio de Hardy-Weinberg y tres pares de microsatélites mostraron evidencia de desequilibrio de ligamiento. La mayoría de los loci son altamente informativos para estudios poblacionales y análisis de ligamiento de acuerdo con su contenido de información de polimorfismos (> 0.5) y serán útiles para incrementar el conocimiento de la estructura genética de las poblaciones silvestres de esta almeja y para coadyuvar en su pesquería  sustentable.

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Citas

Abdelkrim, J., B. Robertson, J. A. Stanton & N. Gemmell. 2009. Fast, cost-effective development of species-specific microsatellite markers by genomic sequencing. BioTechniques, 46 (3): 185-192. https://doi.org/10.2144/000113084

Amos, W., J. I. Hoffman, A. Frodsham, L. Zhang, S. Best & A. V. S. Hill. 2007. Automated binning of microsatellite alleles: problems and solutions. Mol. Ecol. Notes, 7 (1): 10-14. https://doi.org/10.1111/j.1471-8286.2006.01560.x

Bahassi, E. & P. J. Stambrook. 2014. Next-generation sequencing technologies: breaking the sound barrier of human genetics. Mutagenesis, 29 (5): 303-310. https://doi.org/10.1093/mutage/geu031

Becquet, V., I. Lanneluc, B. Simon-Bouhet & P. Garcia. 2009. Microsatellite markers for the Baltic clam, Macoma balthica (Linne, 1758), a key species concerned by changing southern limit, in exploited littoral ecosystems. Conserv. Genet. Resour., 1 (1): 265-267. https://doi.org/10.1007/s12686-009-9065-0

Chakraborty, R., M. Kimmel, D. N. Stivers, L. J. Davison & R. Deka. 1997. Relative mutation rates at di-, tri-, and tetranucleotide microsatellite loci. P. Natl. Acad. Sci. USA, 94 (3): 1041-1046. https://doi.org/10.1073/pnas.94.3.1041

Cruz-Hernández, P., A. Munguía-Vega, I. Leyva-Valencia, F. Lucero-Burquez & D. B. Lluch-Cota. 2014. Development of 24 tetra-nucleotide microsatellite markers in Cortes Geoduck Panopea globosa by next-generation sequencing. Conserv. Genet. Resour., 6 (3): 531-533. https://doi.org/10.1007/s12686-014-0172-1

de Arruda, M. P., E. C. Gonçalves, M. P. C. Schneider, A. L. D. C. da Silva & E. Morielle-Versute. 2010. An alternative genotyping method using dye-labeled universal primer to reduce unspecific amplifications. Mol. Biol. Rep., 37 (4): 2031-2036. https://doi.org/10.1007/s11033-009-9655-7

Estoup, A. & J. M. Cornuet. 1999. Microsatellite evolution: inferences from population data. 49- 65, In: Goldstein, D. B. , Schlötterer, C. (eds.). Microsatellites: Evolution and Applications. Oxford University Press, Oxford. Excoffier, L., G. Laval & S. Schneider. 2005. Arlequin ver. 3.0: An integrated software package for population genetics data analysis. Evolut. Bioinform. Online, 1: 47-50. https://doi.org/10.1177/117693430500100003

Faircloth, B. C. 2008. MSATCOMMANDER: detection of microsatellite repeat arrays and automated, locus-specific primer design. Mol. Ecol. Resour., 8 (1): 92-94. https://doi.org/10.1111/j.1471-8286.2007.01884.x

Guichoux, E., L. Lagache, S. Wagner, P. Chaumeil, P. Leger, O. Lepais, C. Lepoittevin, T. Malausa, E. Revardel, F. Salin & R. J. Petit. 2011. Current trends in microsatellite genotyping. Mol. Ecol. Resour., 11 (4): 591-611. https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2011.03014.x

Hedgecock, D., G. Li, S. Hubert, K. Bucklin & V. Ribes. 2004. Widespread null alleles and poor cross-species amplification of microsatellite DNA loci cloned from the Pacific oyster, Crassostrea gigas. J. Shellfish Res., 23 (2): 379-385.

Lance, S. L., C. N. Love, S. O. Nunziata, J. R. O'Bryhim, D. E. Scott, R. W. Flynn & K. L. Jones. 2013. 32 species validation of a new Illumina paired-end approach for the development of microsatellites. PLoS One, 8 (11): e81853. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0081853

McInerney, C. E., A. L. Allcock, M. P. Johnson, D. A. Bailie & P. A. Prodohl. 2011. Comparative genomic analysis reveals species-dependent complexities that explain difficulties with microsatellite marker development in molluscs. Heredity, 106 (1): 78-87. https://doi.org/10.1038/hdy.2010.36

Munguia-Vega, A., I. Leyva-Valencia, D. B. Lluch-Cota & P. Cruz-Hernández. 2015. Genetic structure of the Cortes Geoduck Panopea globosa Dall, 1898, from the Mexican Northwest. J. Shellfish Res., 34 (1): 153-161. https://doi.org/10.2983/035.034.0119

Nunziata, S. O., J. D. Karron, R. J. Mitchell, S. L. Lance, K. L. Jones & D. W. Trapnell. 2012. Characterization of 42 polymorphic microsatellite loci in Mimulus ringens (Phrymaceae) using Illumina sequencing. Am. J. Bot., 99 (12): E477-E480. https://doi.org/10.3732/ajb.1200180

O'Bryhim, J., J. P. Chong, S. L. Lance, K. L. Jones & K. J. Roe. 2012. Development and characterization of sixteen microsatellite markers for the federally endangered species: Leptodea leptodon (Bivalvia: Unionidae) using paired-end Illumina shotgun sequencing. Conserv. Genet. Resour., 4 (3): 787-789. https://doi.org/10.1007/s12686-012-9644-3

Park, S. 2001. MStools v 3 (Excel spreadsheet toolkit for data conversion). Smurfit Institute of Genetics. Trinity College, Dublin.

Schlotterer, C. 2004. The evolution of molecular markers - just a matter of fashion? Nat. Rev. Genet., 5 (1): 63-69. https://doi.org/10.1038/nrg1249

Schuelke, M. 2000. An economic method for the fluorescent labeling of PCR fragments. Nat. Biotechnol., 18 (2): 233-234. https://doi.org/10.1038/72708

Selkoe, K. A. & R. J. Toonen. 2006. Microsatellites for ecologists: a practical guide to using and evaluating microsatellite markers. Ecol. Lett., 9 (5): 615-629. https://doi.org/10.1111/j.1461-0248.2006.00889.x

Šidák, Z. K. 1967. Rectangular confidence regions for the means of multivariate normal distributions. J. Am. Stat. Assoc., 62 (318): 626-633. https://doi.org/10.1080/01621459.1967.10482935

Suárez-Moo, P. J., L. E. Calderon-Aguilera, H. Reyes Bonilla, G. Díaz-Erales, V. Castañeda-Fernandez-de-Lara, E. A. Aragón-Noriega & A. Rocha-Olivares. 2013. Integrating genetic, phenotypic and ecological analyses to assess the variation and clarify the distribution of the Cortes Geoduck (Panopea globosa). J. Mar. Biol. Assoc. U. K., 93 (3): 809-816. https://doi.org/10.1017/S0025315412001464

Van Oosterhout, C., W. F. Hutchinson, D. P. M. Wills & P. Shipley. 2004. MICRO-CHECKER: software for identifying and correcting genotyping errors in microsatellite data. Mol. Ecol. Notes, 4 (3): 535-538. https://doi.org/10.1111/j.1471-8286.2004.00684.x

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Publicado

2016-06-24

Cómo citar

Bisbal -Pardo, C. I., Del Rí­o -Portilla, M. íngel, Castillo -Paéz, A. Y., & Rocha-Olivares, A. (2016). Aislamiento y caracterización de nuevos marcadores microsatelitales en la almeja generosa (Panopea globosa). CICIMAR Oceánides, 31(1), 17–22. https://doi.org/10.37543/oceanides.v31i1.162

Número

Sección

Artículos